등록 임대사업자는 조정대상지역에 있는 매입임대 아파트를 내년 말까지 처분해야 다주택자 양도소득세 중과 배제 등 기존 세제 혜택을 받을 수 있다. 상생임대주택 특례는 예정대로 올해 말 종료되고, 조정대상지역 일시적 2주택자의 세제 특례 기간도 3년에서 2년으로 줄어든다.
정부는 29일 국무회의에서 이런 내용을 담은 소득세법·법인세법·종합부동산세법·상속세 및 증여세법 시행령 개정안을 심의·의결했다고 재정경제부가 밝혔다. 이번 개정안은 지난 8월 발표한 ‘2026년 세제개편안’의 후속 조치로 다음 달 1일부터 시행된다.
우선 조정대상지역의 매입임대 아파트에 적용해온 다주택자 양도세 중과 배제와 법인세 추가 과세 배제는 내년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 인정된다. 지금은 등록임대주택이 의무임대기간을 채워 등록이 말소된 뒤에도 관련 세제 혜택이 계속 적용되고 있지만, 앞으로는 적용 시한을 두겠다는 것이다.
다만 임대 의무가 아직 끝나지 않았거나 재건축·재개발 절차가 진행 중인 주택은 예외가 인정된다. 2027년 1월 1일 현재 의무임대기간이 남아 있다면 등록말소일부터 1년까지 기존 혜택을 받을 수 있다. 내년 말 이전에 재개발 관리처분계획이나 재건축 조합설립 인가를 받은 경우에는 이전 고시일부터 1년이 되는 날까지 특례가 이어진다. 두 요건에 모두 해당하면 더 늦은 날을 기준으로 한다.
임대사업자가 실제 거주하던 주택에 대한 특례는 그대로 유지된다. 조정대상지역 매입임대 아파트를 보유한 임대사업자는 등록임대주택이 말소된 뒤에도 5년 동안 자신이 거주한 주택을 팔 때 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제 혜택을 받을 수 있다. 재경부 관계자는 “본인이 거주하던 주택은 등록임대주택과 직접적인 관련이 적다는 점을 고려했다”고 설명했다.
상생임대주택에 대한 세제 특례는 예정대로 올해 말 종료된다. 현재는 임대료 인상률을 5% 이내로 유지하면서 2년간 상생임대를 한 집주인에게 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제를 받기 위한 2년 거주요건을 면제하고 있다.
앞으로는 상생임대 기간이 끝난 뒤 1년 안에 주택을 처분해야 거주요건 면제를 받을 수 있다. 적용 가능한 최종 시점은 2029년 12월 31일이다. 다만 올해 말 이전에 상생임대차계약에 따른 임대기간이 끝난 주택은 내년 말까지 양도하면 기존 혜택을 받을 수 있다.
조정대상지역의 일시적 2주택자에게 주어지는 양도세·종부세 1세대 1주택 특례 기간은 3년에서 2년으로 단축된다. 이에 따라 양도세의 경우 새 주택을 취득한 뒤 2년 안에 종전 주택을 처분해야 1세대 1주택 특례를 받을 수 있다.
양도세는 올해 8월 4일 이후 새 주택을 취득하고 다음 달 1일 이후 종전 주택을 파는 경우부터 바뀐 기준이 적용된다. 종부세는 올해 8월 4일 이후 새 주택을 취득하고 내년 6월 1일 기준으로 납세의무가 성립하는 경우부터 2년 기준이 적용된다. 다만 올해 8월 3일까지 이미 주택을 취득했거나 매매계약을 체결하고 계약금을 낸 경우에는 기존 3년 규정이 유지된다.
비수도권의 준공 후 미분양주택에 대한 세제 지원은 1년 더 연장된다. 비수도권 준공 후 미분양주택을 종부세와 양도세 계산 때 주택 수에서 빼주는 특례는 물론 기업구조조정 부동산투자회사가 해당 주택을 취득했을 때 적용하는 종부세 합산배제와 법인세 추가 과세 배제도 2027년 12월 31일까지 적용된다.
한미전략투자공사에 설치된 한미전략투자기금도 증여세 비과세 대상에 새로 포함된다. 이에 따라 해당 기금에 출연하는 금액에는 증여세를 매기지 않는다.