내년 기업들에게 주어지는 통합투자세액공제가 16조 5583억 원에 이를 전망이다. 2021년 도입된 통합투자세액공제는 매년 몸집을 불려오다가 내년 처음으로 감면 금액 기준 1위를 차지하게 된다. 전문가들은 기업 투자와 연구개발(R&D)에 대한 조세지출 금액이 커지는만큼 더 정교한 기준을 수립해야 한다고 지적하고 있다.
7일 재정경제부가 국회에 제출한 ‘2027년도 조세지출예산서’에 따르면 그동안 조세지출 1위를 차지했던 근로자 보험료 소득·세액공제가 내년 8조7591억 원의 세 감면을 받아 금액 기준 3위로 밀려난다. 통합투자세액공제가 1위로 올라서고 R&D 세액공제는 올해보다 51.5% 늘어난 10조 5114억 원으로 2위를 기록할 전망이다. 두 공제의 합계는 27조 697억 원으로 내년 전체 국세 감면액 104조 9307억 원의 25.8%에 달한다. 또 내년 국세 감면 증가액의 78.8%가 두 공제에서 발생한다. 우리나라 조세지출의 무게중심이 근로자의 사회보험료 부담 완화에서 기업의 생산시설 확충과 미래 기술 개발 지원으로 이동하는 셈이다.
삼성전자와 SK하이닉스 등 반도체 기업들이 투자를 늘린 데다 높은 공제율까지 적용되면서 감면액이 급증했다. 통합투자세액공제의 대기업 기본공제율은 일반 시설 1%, 국가전략기술 시설 15%, 반도체 시설 20%다. 대기업이 반도체 시설에 1000억 원을 투자하면 기본공제액은 200억 원으로 일반 시설에 같은 금액을 투자할 때의 10억 원보다 20배 많다.
재경부 관계자는 “내년 전망에는 과거 적자 등으로 납부할 법인세가 부족할 때 공제받지 못해 이월된 금액과 새로운 투자에 따른 공제가 함께 반영돼 있다”고 설명했다.
투자·R&D 공제의 급증으로 산업 분야 감면액도 사회복지를 앞서게 됐다. 산업·중소기업·에너지 분야 감면액은 올해 23조 6110억 원에서 내년 38조 2739억 원으로 늘어 사회복지 분야의 29조 8983억 원을 넘어선다. 16대 분야 기준 산업 분야가 1위에 오르는 것은 2018년 이후 9년 만이다.
감면 규모가 커진 만큼 실제 투자 촉진 효과를 검증하고 우대 대상 기술과 시설을 주기적으로 정비해야 한다는 지적도 나온다. 실제 한국조세재정연구원은 가장 최근인 2024년에 실시한 통합투자세액공제 심층평가에서 “우리나라의 투자공제는 주요국보다 대상 자산이 넓고 공제율도 높은 만큼 지원 범위가 지나치게 확대되지 않는지 정기적으로 점검해야 한다”고 제언했다.
R&D 공제도 비슷한 과제를 안고 있다. 국회입법조사처에 따르면 R&D 세액공제를 받는 국가전략기술은 2022년 36개에서 올해 87개로, 신성장·원천기술은 2017년 157개에서 올해 284개로 급증하고 있다. 국회입법조사처는 “이러한 확대 일변도의 운영은 특별히 장려가 필요한 분야에 더 높은 수준으로 지원한다는 제도 취지에 부합하지 않는다”고 지적했다. 정부는 내년부터 기술·시설별 일몰제를 도입해 기존 관리 방식의 한계를 보완할 방침이다.