재정경제부가 3일 발표한 ‘2026년 세제개편안’에 따라 시가 20억~30억 원 수준의 실거주 1세대 1주택자는 종합부동산세 부담이 줄어드는 반면 40억~50억 원을 넘어서는 고가 주택과 비거주 1주택자의 세 부담은 크게 늘어난다. 주택 수에 따라 달리 적용하던 종부세율을 가액 기준으로 통일하고 공정시장가액비율과 고가 주택 세율을 올리는 동시에 세액공제 금액 한도를 새로 두기 때문이다.
우선 과세표준 6억~12억 원 구간의 1·2주택자 세율은 현행 1.0%에서 2027년 1.3%로 오른다. 거주 1주택자를 기준으로 공시가격 약 22억 6000만~31억 1000만 원, 시가 약 32억 2000만~44억 5000만 원에 해당하는 구간이다. 지난해 이 구간에 속한 종부세 납세자는 5만 9905명이었다.
2028년부터는 개인 주택분 종부세에서 주택 수별 세율 구분이 사라진다. 과표 12억~25억 원에는 2%, 25억~50억 원에는 3%, 50억~94억 원에는 4%, 94억 원 초과에는 5%가 적용된다. 현행 3주택 이상 보유자에게 적용되는 고율 구간을 주택 수와 관계없이 고가 주택에 적용하는 방식이다.
공정시장가액비율은 현재 60%에서 내년 70%로 일괄 인상된다. 조정대상지역에서 1세대 1주택이 아닌 주택을 보유한 사람과 3주택 이상 보유자는 2028년부터 80%가 적용된다. 다주택자의 기본공제는 현행 9억 원에서 4억 원에 전체 주택 가액 중 거주 주택 비중에 따라 최대 5억 원을 더하는 방식으로 축소된다. 실거주 1주택자의 기본공제는 12억 원에서 14억 원으로 높아진다.
고령자·장기보유자에게 적용하는 세액공제에는 금액 한도가 신설된다. 연령공제와 보유·거주공제를 합친 공제율은 최대 80%로 유지되지만 실제 공제액은 2027년 800만 원, 2028년 이후 600만 원을 넘을 수 없다. 종부세 세 부담 상한도 전년도 총세액 상당액의 150%에서 200%로 높아져 개편이나 공시가격 상승으로 세액이 급증하면 전년의 최대 두 배까지 늘어날 수 있다.
정부가 공시가격이 앞으로도 변하지 않는다고 가정해 계산한 결과 60세 납세자가 10년간 거주한 시가 60억 원 주택의 종부세는 현행 615만 원에서 2027년 1131만 원, 2028년 이후 1743만 원으로 뛴다. 최근 시세가 60억 원 안팎인 서울 서초구 반포자이 전용 132㎡급에 대입하면 2년 뒤 연간 부담이 현재보다 약 1100만 원 늘어나는 셈이다. 시가 70억 원 주택은 938만 원에서 2027년 2252만 원, 2028년 이후 3296만 원으로 증가한다.
반면 같은 조건에서 시가 20억 원 주택은 종부세가 28만 원에서 11만 원으로 줄고, 시가 30억 원 주택도 91만 원에서 76만 원으로 감소한다. 시가 40억 원 주택은 263만 원에서 325만 원으로 늘지만 고가 주택보다 증가 폭은 제한적이다.
공시가격까지 오르면 실제 부담 증가 폭은 더 커진다. 곽인송 세무사에게 의뢰해 2027년과 2028년 공시가격이 매년 2026년 상승률의 절반만큼 오른다고 가정한 결과 시가 20억 원대 중반인 마포래미안푸르지오 전용 84.60㎡를 60세 집주인이 10년간 보유·거주할 경우 종부세는 현행 27만 원에서 2027년 67만 원, 2028년 119만 원으로 늘었다. 재산세를 합친 보유세도 422만 원에서 670만 원으로 증가했다.
같은 조건에서 시가 70억 원 안팎인 압구정현대아파트 전용 131.48㎡는 종부세가 현행 847만 원에서 2027년 2484만 원, 2028년 5889만 원으로 약 7배 뛰었다. 전체 보유세는 2087만 원에서 7554만 원으로 3.6배 불어났다.
실제 거주 여부도 세 부담을 가르는 핵심 변수가 된다. 현행 제도에서는 60세 납세자가 한 주택을 10년간 보유했다면 거주 여부와 관계없이 연령공제와 장기보유공제를 합쳐 60%의 공제율을 적용받는다. 이에 따라 시가 50억 원 주택의 종부세는 거주자와 비거주자 모두 454만 원으로 같다.
개편 후에는 내년부터 격차가 벌어진다. 공시가격이 그대로라고 가정하면 같은 주택의 2027년 종부세는 거주자 615만 원, 비거주자 1255만 원이다. 2028년 이후에는 각각 979만 원과 1970만 원으로 약 두 배 차이 난다. 재산세를 더한 보유세도 거주자 1879만 원, 비거주자 2871만 원으로 1000만 원 가까이 벌어진다.
공시가격을 2026년 수준으로 고정해도 거주 여부에 따른 차이는 크다. 마포래미안푸르지오 전용 84.60㎡를 60세 납세자가 10년간 보유·거주하면 2028년 종부세는 31만 원이지만 같은 기간 보유만 하고 거주하지 않으면 217만 원으로 약 7배 늘어난다. 재산세를 합친 보유세는 각각 425만 원과 611만 원이다.
1세대 1주택자는 거주 여부와 관계없이 공시가격이 14억 원을 넘어야 종부세 과세 대상이 된다. 다만 과세 대상에 들어오면 거주자는 14억 원을 공제받는 반면 비거주자는 9억 원만 공제받아 같은 공시가격의 주택이라도 비거주자의 과표가 더 커진다.
장기보유공제도 거주공제로 바뀐다. 2027년에는 과도기적으로 종전 장기보유공제율의 절반과 새 거주공제율 가운데 큰 쪽을 적용한다. 10년 보유한 60세 비거주 1주택자는 보유공제 20%와 연령공제 20%를 합쳐 40%를 적용받는다. 2028년부터 장기보유공제가 완전히 거주공제로 전환되면 실제 거주하지 않은 60세 납세자는 연령공제 20%만 받지만 10년간 거주한 경우에는 연령·거주공제를 합쳐 60%를 유지한다.
불가피하게 집을 비운 납세자에게는 예외를 둔다. 해당 주택에서 1년 이상 계속 거주하다 자녀의 고등학교·대학교 취학, 직장 변경·전근, 1년 이상 치료·요양이 필요한 질병, 학교폭력 피해에 따른 전학, 해외 체류, 60세 이상 직계존속 동거봉양 등의 사유로 다른 시·군으로 이전하면 비거주 기간을 최대 3년까지 거주기간으로 인정할 계획이다.
세입자의 계약갱신요구권 행사로 계획한 시기에 입주하지 못한 사례도 예외에 포함될 가능성이 있으며 구체적인 인정 사유와 신청 절차는 시행령 개정 과정에서 확정된다.
구윤철 부총리 겸 재경부 장관은 “거주하지 않는 주택과 다주택에 대해서는 기본공제 금액을 축소하는 등 과도한 혜택을 정상화해 과세 형평을 제고하겠다”고 말했다.