정부가 이달 말 부동산 세제 개편안 발표를 앞두고 종합부동산세와 양도소득세 전반의 손질에 나선다. 크게 나눠서 보면 △비거주자의 세금 혜택을 줄이고 △실거주 1주택자라고 해도 초고가 주택에 살 경우 전반적인 보유세 부담을 높이는 방향이 유력하다. 그동안 주택 수 중심이었던 세금 체계를 보유가액 중심으로 전환하는 방안도 논의되고 있다.
12일 관계부처에 따르면 재정경제부는 청와대 업무보고와 세법토론회 등을 앞두고 2027년도 세법 개정안을 마무리하는 작업에 착수했다. 대통령의 결심이 남은 몇가지 안건이 있어 변수는 존재한다.
우선 종부세와 양도세 공제는 실거주 중심으로 재편될 것으로 보인다. 현행 종부세는 1세대 1주택자가 장기보유·고령자 요건을 충족하면 두 공제를 합해 최대 80%까지 세액을 줄일 수 있다. 해당 주택에 실제 거주했는지는 따지지 않으며 공제액에도 별도의 금액 상한이 없다.
정부는 실거주하지 않는 주택의 종부세 공제를 줄이거나 공제 요건에 거주기간을 추가하는 방안을 검토하고 있다. 초고가 주택에는 별도의 공제 한도를 두는 방안도 거론된다. 공제 축소 폭과 직장·교육·치료 등 불가피하게 거주하지 못한 경우를 어떻게 처리할지가 쟁점이다.
양도세 장기보유특별공제도 보유기간 공제를 줄이고 거주기간 공제를 늘리는 방향으로 개편될 가능성이 크다. 현행 제도는 거주 요건을 채운 1세대 1주택자에게 보유기간과 거주기간에 따라 각각 최대 40%, 합계 80%를 공제한다.
정부는 현행 구조에서 보유 공제 비중을 낮추고 거주 공제를 확대하는 방안을 살펴보고 있다. 보유 공제를 없애고 거주 공제만 최대 80% 적용하는 방식도 논의 대상이다.
다만 보유세를 강화하면서 장특공제까지 대폭 줄이면 주택 보유자가 매도를 미루는 매물 잠김이 심화할 수 있다는 우려도 나온다. 경제협력개발기구(OECD)도 최근 발표한 ‘2026년 한국경제보고서’에서 높은 거래세가 주거 이동을 제약할 수 있다고 지적했다.
종부세율과 과세표준 구간을 직접 조정할지도 주목된다. 현행 개인 주택분 종부세율은 2주택 이하 0.5~2.7%, 3주택 이상 0.5~5.0%다. 정부가 초고가 주택의 세 부담을 높이기 위해 별도의 과표 구간을 두거나 해당 구간의 세율을 조정할지가 관심사다.
법정 세율을 바꾸는 대신 공정시장가액비율을 높이는 방안도 선택지다. 종부세 과세표준은 공시가격에서 기본공제액을 뺀 뒤 공정시장가액비율을 곱해 산출한다. 이 비율은 2021년 95%까지 올랐다가 2022년 60%로 낮아진 뒤 같은 수준을 유지하고 있다.
주택 수 중심의 종부세 과세 기준에 총보유가액을 얼마나 반영할지도 핵심 변수다. 현재는 1세대 1주택자에게 12억 원, 그 외 개인에게 9억 원의 기본공제를 적용하고 3주택 이상에는 별도 세율표를 적용한다.
이에 따라 다른 조건이 비슷하다면 공시가격 30억 원짜리 주택 한 채를 보유한 사람보다 공시가격 10억 원짜리 주택 세 채를 가진 사람의 종부세 부담이 더 커질 수 있다. 정부는 다주택 여부뿐 아니라 총보유가액을 세 부담에 더 적극적으로 반영하는 방안을 검토하고 있다. 다만 공시가격 30억 원이나 40억 원처럼 특정 금액을 초고가 기준으로 삼으면 기준선 전후로 세 부담이 급격히 달라지는 문턱효과가 나타날 수 있다.
정부는 14~16일 국토교통부와 금융위원회, 재정경제부 공개 토론회에 이어 23일 이재명 대통령 주재 부동산 대토론회에서 종부세와 장특공제 개편 방향을 구체화할 예정이다.