시가 50억 원짜리 주택을 10년간 보유한 60세 납세자는 내년부터 이 집에 실제 사는지 여부에 따라 종합부동산세가 두 배가량 차이 난다. 2028년에는 거주자는 979만 원을 내지만 해당 주택에 거주하지 않는 1세대 1주택자는 1970만 원을 부담한다.
3일 재정경제부의 ‘2026년 세제개편안’에 따르면 정부는 종부세 기본공제와 세액공제를 실제 거주 여부에 따라 차등 적용한다. 현행 제도에서는 60세 납세자가 한 주택을 10년 보유했다면 실제 거주 여부와 관계없이 고령자·장기보유 공제를 합쳐 60%의 공제율을 적용받는다. 이에 따라 시가 50억 원 주택의 현행 종부세는 거주자와 비거주자 모두 454만 원으로 같다.
정부가 2026년 공시가격이 이후에도 유지된다고 가정해 계산한 결과 내년에는 같은 주택의 종부세가 거주자 615만 원, 비거주자 1255만 원으로 벌어진다. 2028년 이후에는 각각 979만 원과 1970만 원으로 격차가 더 커진다. 재산세를 더한 전체 보유세도 각각 1879만 원과 2871만 원으로 1000만 원 가까이 벌어진다.
거주 여부에 따른 세 부담 격차는 초고가 주택에만 국한되지 않는다. 정부 사례와 같은 조건으로 곽인송 세무사에게 의뢰해 계산한 결과 시가 20억 원대 중반인 마포래미안푸르지오 전용 84.60㎡를 60세 납세자가 10년간 보유·거주하면 2028년 종부세는 31만 원이지만 같은 기간 보유만 하고 거주하지 않으면 217만 원으로 약 7배 차이가 났다. 재산세를 합친 보유세도 각각 425만 원과 611만 원으로 186만 원 벌어졌다.
차이가 나는 주요 요인은 기본공제다. 개편 후 1세대 1주택자는 거주 여부와 관계없이 공시가격이 14억 원을 넘어야 종부세 과세 대상이 된다. 공시가격 14억 원 이하라면 해당 주택에 살지 않아도 종부세를 내지 않는다. 다만 과세 대상에 들어오면 거주자는 14억 원을 공제받지만 비거주자는 9억 원만 공제받는다. 똑같이 공시가격 14억 원을 초과한 주택이라도 비거주자의 과세표준이 더 커지는 구조다.
또 다른 요인은 장기보유 공제를 거주 공제로 전환하는 것이다. 내년에는 과도기적으로 보유 공제와 거주 공제 가운데 큰 것을 선택하도록 하되 보유 공제율은 현행의 절반만 인정한다. 이에 따라 10년 보유한 비거주 1주택자는 보유 공제 20%에 연령 공제 20%를 더해 총 40%를 적용받는다. 2028년부터는 장기보유 공제가 거주 공제로 완전히 전환돼 실제 거주하지 않은 60세 1주택자는 연령 공제 20%만 적용받는 반면 10년간 거주한 60세 1주택자는 연령 공제와 거주 공제를 합쳐 60%의 공제율을 유지한다.
다만 불가피한 사유로 실제 거주하지 못한 경우에는 예외를 둘 방침이다. 정부는 해당 주택에 1년 이상 계속 거주한 납세자가 취학, 직장, 질병, 해외 체류, 부모 봉양 등의 사유로 다른 시·군으로 이전한 경우 비거주 기간을 최대 3년까지 거주 기간으로 인정할 계획이다. 세입자의 계약 갱신 요구권 행사로 입주하지 못한 경우도 예외에 포함될 가능성이 있다. 구체적인 사유와 신청 절차는 시행령 개정 과정에서 확정된다.
구윤철 부총리 겸 재경부 장관은 “거주하지 않는 주택과 다주택에 대해서는 기본공제 금액을 축소하는 등 과도한 혜택을 정상화해 과세 형평을 제고하겠다”고 말했다.